说起藏传佛教的源流，不能不提到本教。

本教是一种十分古老的、最初流行于古代称“象雄”而今为西藏阿里地区南部、后来盛行整个藏区形态较为复杂的原始宗教，俗称“黑教”。和各民族原始宗教一样，本教崇奉天地、山林、水泽等自然物，赋予其神鬼精灵概念，重祭祀、跳神、占卜、禳解等。但本教又不同于一般原始宗教，其具有人为宗教的特征，即：有教祖丹巴喜饶（还有其他称谓），有丰富的经典教义、教礼教规和寺庙，还有相当的权力和势力。

早在佛教传入吐蕃之前，本教在吐蕃王朝前期占宗教统治地位，与吐蕃政权有着较为密切的关系。佛教传入西藏后，本教曾与之长期斗争。公元8世纪后，由于吐蕃王室兴佛抑本而势力渐衰。在以后的过程中，本教吸收了佛教的部分内容，逐渐与佛教趋于合流，成为类似藏传佛教的一个派别。

云南藏族称本教为“本木”。据地方志记载和专家实地考证，本教在西藏兴起之时也就流传到了云南藏区。特别到了吐蕃王朝赤松德赞时期灭本兴佛，本教徒在西藏本土已无法立足，一部分人被流放到边远的地方，其中有不少人来到了藏、滇、川交界地区。因此，本教在云南境内的迪庆和丽江的藏族、纳西族、摩梭人、普米族中得以继续传播发展，并且对纳西族、摩梭人和普米族固有的原始宗教产生了深刻的影响。如：被东巴教尊为教祖的“丁巴什罗”实际就是一个本教大巫师，据传他大约于明代进入中甸三坝纳西族地区传播本教，东巴教神灵谱系1000多个神中，多数与藏族本教神祇相同；达巴教祖师“丁巴沙拉”、汗归教祖师“益史丁巴”的传说与“丁巴什罗”大致相同，而且它们在祭祀活动、巫师名称、教仪经咒及神灵体系等方面都表现出本教影响的明显痕迹。

由于滇西北特殊的地理环境和民族成份，本教在这里得以长久传承。明清时期藏传佛教盛行，本教仍有一定的势力。到了现代，西藏本教已濒于绝迹，但在澜沧江、金沙江流域的藏族、纳西族和摩梭人、普米族仍有流传，特别是比较偏僻的摩梭人和普米族地区还有不少的本教徒。他们保留着本教经典和法器，主要为当地群众念咒驱邪禳灾、主持丧葬仪式。说起来，古老的本教在云南的发展演变、兴衰存亡，对滇西北各少数民族社会文化的影响是较为深刻的。另外，在藏传佛教传入云南后的发展演变，即最终形成极具地方、民族特色的云南藏传佛教的过程中，本教所产生的作用和影响也是很重要的。