19世纪后半叶，基督教在中国沿海和中原一带站稳脚跟后，云南渐渐成为 “垦荒”的目标。东部贵州教会的活动正逐步向云南逼近，西部缅甸的八莫和景栋等地也聚集了一批 “探险家”和“垦荒者”，准备进入云南传教，云南已渐渐处于基督教势力东西两面包围之中。
1877年(清光绪三年)，内地会英国传教士麦嘉底(John M’Carthy)从上海沿长江而上，经四川巴县等地后，从东到西徒步穿越云南，于同年8月抵达缅甸八莫，成为根据现有资料记载的基督教传教士进入云南第一人。他虽然在旅途中没有传教，但他的成功，消除了传教士们心头由于种种传言而造成的对云南、特别是对滇西少数民族地区神秘莫测的恐惧心理，为教会提供了在云南传教的可能性和许多有价值的情况。在此之前，曾有两名内地会传教士索尔陶(Soltau)和史蒂文森(Stevenson)打算从缅甸八莫进入云南传教，但鉴于英国使馆译员马嘉理于1875年(清光绪元年)在滇西被杀一事所引出的英国政府禁止传教士由缅甸进入中国传教的禁令，他们二人只好留驻缅甸八莫。1876年(清光绪二年)，内地会英国传教士康慕伦(Cameron)以徒步方式从湖北到四川，从打箭炉(康定)入东藏境，经理塘、巴塘，渡过金沙江，沿西藏边境和印度阿萨密，经云南大理于1879年(清光绪五年)到达缅甸八莫，成为进入云南的第二位传教士。《烟台条约》签定后，1880年(清光绪六年)11月，驻八莫的传教士索尔陶和史蒂文森从缅甸八莫入境，从西向东横穿云南，于次年2月到达重庆。至此，基督教从东西两个方向进入云南的途径基本打通并贯穿起来。
1881年(清光绪七年)，内地会英国传教士乔治·克拉克(George Clarke)夫妇二人从上海出发，绕道缅甸进入云南，经腾冲、保山等地，辗转来到滇西大理，在大理城吉祥巷租用民房作为住宅和布道所，建立起云南第一个基督教会。1882年(清光绪八年)，大理教会派人到昆明，租房传教，建立起云南第二个基督教会。1883年(清光绪九年)前后，英国传教士索理仁(Thorned)等人经四川宜宾到滇东北昭通传教，因开展不了工作于两年后转入东川建立教会。1887年(清光绪十三年)，英国传教士柏格理(Samuel Pollard)和台慕廉(Frank Dymond)等人再次由四川进入昭通，先在城南门租房食宿，沿街布道，后在东门集贤街购地建房，开办教会。此后，基督教各教派、传教团体乃至自由传道人相继入滇，在云南各地进行传教活动。
最初进入云南的基督教传教组织，受到当地传统文化的强烈抵制，加之当时各列强国家的注意力主要放在中国的东部和中部地区，无暇给在西部活动的基督教会以更大的帮助，所以信徒寥寥无几，发展十分缓慢。到1900 年(清光绪廿六年)时，虽然基督教在云南经历了20年的传播，但设立布道所不足10所，信徒不过百人。
1901年(清光绪廿七年)《辛丑条约》签订后，迎来了外国传教士入滇的第一次高潮。造成这种局面的原因，从政治上讲，是由于英美等国殖民势力战略西移造成的；从教会本身来讲，一方面是由于教会活动由城镇向乡村的转移获得成功，另一方面则是由于教会在中缅边界争端中找到了为殖民势力效力的大好机会。
在滇东北地区，圣道公会增派英国传教士美若愚、索道扬等人到昭通传教。1902年(清光绪廿八年)，圣道公会在昭通县城建起大礼拜堂，随后陆续建盖起小礼拜堂、福滇医院和女子学校，并派遣英国女传教士苏穆才担任女子学校校长。1904年(清光绪卅年)，柏格理把传教基地由昭通城转移到贵州威宁的石门坎。石门坎是云南和贵州两省交界地区苗族聚居区的中心，柏格理在这里修建教堂，开办教会学校和诊疗所，并为当地苗族创制了苗语拼音文字，使基督教在当地很快传播开来。1905年(清光绪卅一年)，柏格理在石门坎建立起向苗族传教的中心。1912年(中华民国元年) ，圣道公会西南教区在昭通建立。从此，大批圣道公会传教士相继而来，以昭通和石门坎为中心在滇东北和黔西地区发展信徒数万名。
在滇北地区，内地会英国传教士党居仁(J· R·Adams)于1903年(清光绪廿九年)在昆明武在路中和巷建立云南内地会总会计处，统一指挥内地会在云南的传教活动。内地会英籍澳大利亚传教士郭秀峰(Arthur G Nicholls)于1906年(清光绪卅二年)在武定洒普山苗族地区开办教会，随后以此为中心逐渐在武定滔谷、老把、阿过咪和禄劝的撒老坞、寻甸的新哨等地设立传教总堂，教会势力扩展到邻近各县，先后建立教堂上百座，发展教徒数万人。
在滇西北地区，1901年(清光绪廿七年)，内地会英国传教士马锡龄夫妇到大理传教，住朝阳巷福音堂。1904年(清光绪卅年)，英国传教士安选三等人来大理传教，马锡龄夫妇被派到顺宁(今凤庆)传教。从1904—1906年(清光绪卅－卅二年)，内地会先后有安选三、盖吉士和加拿大医生赖宏恩到大理传教。1907年(光绪卅三年)，安选三购得大理北门金箔街房产作为内地会会所及福音堂(后改为福音医院)。从1913年(中华民国二年)开始，缅甸内地会和浸礼会向怒江流域的傈僳族、怒族地区传教，此后神召会、滇藏基督教会也先后到此开办教会，共建大小教堂百余所，发展教徒数万人。在滇西地区，缅甸浸礼会于1907年(清光绪卅三年)传入瑞丽，并逐渐发展到陇川、盈江、潞西各县的景颇族地区，建立教堂和教会学校数十所，发展教徒数千人。
在滇西南地区，从1900年(清光绪廿六年)起，便不断有缅甸浸信会的传教士入境活动，向拉祜族、佤族地区传教。1905年(光绪卅一年)，美国传教士永伟理(William Young)到双江帕结寨传教，发展了第一批教徒。到1919年(中华民国八年)，双江帕结寨设立第一座教堂，此后教会势力逐渐深入拉祜族和佤族地区。经过30余年的经营，以澜沧县糯福为中心，沿中缅尚未具体勘定的南段边界一线，共设教堂数百座，发展教徒数万人，并培养了本民族传教士(“撒拉”)近千人。
在滇南地区，教会势力则是从江城三家村开始，并逐渐发展到墨江等地的哈尼族地区，先后有神召会、滇南教会(后并入神召会)、安息日会等到此传教，设立教堂数百座，发展教徒万余人。
总之，随着中国社会政治局势、社会形态的变迁以及西方差会加大对云南传教的力度，从1901年(清光绪廿七年)到1910年(清宣统二年)短短十年时间，基督教在云南的传播取得了显著的成果，教徒发展到五六万人，教堂散布云南城乡。
辛亥革命以后，特别是1913年(中华民国二年)世界著名基督教学生运动活动家穆德发出“云南乃全国最黑暗最需要福音的省份”(《中华基督教年鉴》第七期)的呼吁，号召各教会组织向云南进军以后，入滇活动的基督教组织和活动机构激增，迎来了外国传教士入滇的第二次高潮。在1911年(清宣统三年)以前，进入云南活动的基督教组织只有英美内地会、有美会、浸信会、圣经公会、五旬节会和浸礼会等6个。从辛亥革命后到1915年(中华民国四年)的短短4 年时间里，这个数字就翻了1番。除了原有的6个教会组织不断派人增强在云南的传教力量外，先后有青年会(1912年入滇)、美国长老会(北长老会，1912年入滇)、德国内地会(1913年入滇)、路德会(1914年入滇)、圣公会(1915年入滇)和瑞典神召会(1915年入滇)等6个基督教组织机构进入云南开展活动。与此同时，还有一些基督教独立传道人也积极在各地从事传教活动，先后开办了南云南会(South Yunnan Mission，1914年在江城县开办，又译称滇南教会，后并入丹麦神召会)、楚雄自立会(1914年，后改组为滇中伯特利教会)等一些地方性教会组织。此后，由于第一次世界大战的爆发，这一过程被打断。随着“一战”的结束，教会入滇活动的步伐又逐步加快。
1918年(中华民国七年)8月，中国基督教的各教会负责人在庐山会晤，专门就在云南的传教问题进行磋商，决定由圣公会、长老会、美以美会和中华续行委办会抽调得力干将，联合组成中华国内布道会，首选云南作为开辟传教活动的对象，于次年派团进入云南各地进行考察，并于1920年(中华民国九年)设立了云南差会，专事向云南派遣传教士进行传教活动，很快在滇中和滇南地区开办了教会。根据有关材料的统计，到了20年代初期，与1911年(清宣统三年)相比较，基督教在云南的活动范围已迅速扩大到大约60个县(市)，教会的实力和影响均大大提高。
1919年(中华民国八年)，圣道公会从昭通到昆明设堂传教，虽遭内地会的排挤和反对仍然强行站住了脚。为了争夺在云南的传教势力范围，1921年(中华民国十年)，在昆明活动的内地会、圣道公会、圣公会、五旬节会以及青年会联合组织了“昆明基督教联合会”，借以垄断在云南的传教活动。该会规定，“凡不属联合会成员的教会，不得随便在昆明建堂传教”。同时还为各成员教会划分了传教范围：滇西及滇中地区为内地会传教范围，滇东各县为圣道公会传教范围，滇越铁路沿线为五旬节会传教范围，昆明、大理和曲靖三地为圣公会传教范围，青年会的会员信教时，由其介绍给其他教会施洗，而各教会则有责任协助青年会征募会员和捐款。昆明基督教联合会的成立以及五派分滇局面的形成，确立了当时在云南以英国势力为主导的教会分布及活动状况，并对各派教会蜂涌入滇的局面起到了一定的遏制作用，但仍然无法完全阻止其他教派入滇。之后，美国神召会(1922年入滇)、伯特利教会(1922 年入滇)、丹麦神召会(1924年入滇)、安息日会(1926年入滇)和基督会(1926年入滇)等教会组织也相继到云南寻求立足之地。
在非基督教运动中面临困境的基督教会，在城市中的发展受到了严重的阻碍，被迫转向边疆少数民族地区进行所谓的“垦荒”运动，却取得了意想不到的成功，在云南边疆少数民族地区发展了大批少数民族信徒。而长达6年的非基督教运动，也促使中国基督教徒自觉提出了自养自立的本色教会运动。受其影响，云南基督教各教会也在一定范围内开始了教会自立的进程。
云南基督教各教会的自立运动最早由内地会开始，鉴于内地会本身所具有的多派别性以及致力于开发内地和少数民族地区的传统特点，它最早接受了教会的地方化和本色化要求，从而也最早开始了教会的自立进程。1925年(中华民国十四年)，由昆明教徒自行联合组建的“云南基督教自立会”宣告成立。1927年(中华民国十六年)，大理教会的信徒自行成立了“大理基督教教务临时执行委员会”，自理教会事务，次年改名为“大理基督教公会”，并议定到了1933年(中华民国廿二年)不再接受内地会的经济帮助。自1929年(中华民国十八年)起，云南内地会滇北传教区各教会的教务也逐渐由当地教会自理，内地会提供的经费逐年减少。
除内地会而外，在云南活动的其他教会组织，也都逐渐开始了教会自立的进程。如在滇中寻甸和武定等地活动的中华基督教会，自20世纪40年代起，逐渐开始以自立会自称；滇西下关的下村教会(原属内地会)，也于1939年(中华民国廿八年)与下关的中华国内布道会及其他一些教会合并，组成“下关自立会”；滇西南临沧等地一些五旬节会的地方教会，曾借外国传教士离境之际更名为自立会，此后虽不断有浸信会和神召会等教会的外国传教士前来游说，企图收编，但均未能得逞。此外，在滇西南墨江地区活动的丹麦神召会教会，因部分教徒不满外国传教士的行径，宣告脱离神召会而另行成立了同心会。
但是，云南基督教各教会的自立步伐是极其缓慢的，而且也是不彻底的。开云南基督教各教会自立活动之先河的云南基督教自立会，虽然早在1925年(中华民国十四年)即宣告成立，但长期以来一直依附于内地会的“三一圣堂”，直到1948年(中华民国卅七年)才有了属于自己的教堂。而以“各地教会事务由中国人民负责”为自立口号的中华基督教云南奋进会，也由于“暗中与德国传教士来往”而遭到政府明令取缔。其他各地以“自立”为名的教会，都不同程度地接受着外国势力在经济上以及人事上和政治上的制约和控制。尽管如此，云南基督教的自立运动还是在教会的各项活动中、在各教会的组织形式以及教会人员的思想意识中注入了一种新的观念和新的气息，在教会本色化和自立自养方面迈出了可贵的一步。特别是由自立运动而激发的爱国主义和民族自主意识，在自立运动中涌现出来的一批爱国爱教的教会领袖，都成为中国基督教宝贵的思想财富和人才资源，一直未被泯灭，乃至成为以后三自爱国运动的基础和前提。
抗日战争爆发后，云南作为抗战后方，吸引了许多教会组织和传教人员，各教会的入滇活动更趋活跃。同时，由于美国势力的介入，打破了以英国系统为主导的“五派分滇”局面，为教会入滇大开了绿灯。一方面，许多原有的教会人力物力激增，如圣公会开办的武昌华东大学和广东岭南大学于1938年(中华民国廿七年)先后迁入大理，随迁而来的信徒和教会人员在当地建立了“大理中华圣公会”，并开办了一个孤儿院和一个幼儿园。同时，河南开封内地会也有一些人转入云南活动，在大理开办了一所医院和一个护士学校。另一方面，许多原来云南没有的教会组织机构也相继入滇，如1938年(中华民国廿七年)进入云南的女青年会、贵格会以及稍后一些时候传入的信义会和1940年(中华民国廿九年)进入云南的中华基督教会等。此后，随着抗战的深入，西南地区的对外通道遭阻，这一阶段的教会入滇高峰才渐告平息。
抗日战争结束后，由于时局的变化，为了能够在中国土地上找到一块永久的活动基地，教会把注意力放到了边疆地区。因此，从1946年(中华民国卅五年)开始，大批教会组织机构纷纷到云南谋求发展，在短短的3年时间内，先后有芬兰神召会(1946年入滇)、滇华基督教会(1946年入滇)、小群会(1946年入滇)、十字军(1946年入滇)、中华文字布道会(1946年入滇)、边疆福音会(1946年入滇)、真耶稣会(1946年入滇)、边荒布道团(1948年入滇)、美以美会(1948年入滇)等众多的教会组织接踵入滇寻求立足之地，形成第三次教会入滇高潮。但是，同以前入滇的教会组织相比较，这一时期进入云南的上述众多教会组织，主要是把精力放到了政治的或准政治的社会活动方面，具有较鲜明的政治色彩，以致于在新型人民政权建立之后便很快烟消云散了。
在教会的第三次入滇高潮期间，还伴随着云南基督教各教会投靠美国势力，以谋求教会繁荣的一股潮流。由于美国在第一次世界大战之后的崛起以及第二次世界大战的爆发，它在全球范围内的势力迅速取代了许多老牌强国。抗日战争爆发以后，美国势力逐渐进入中国，到了抗战后期，云南作为抗战后方，美国势力相对集中，不论在政治上还是在经济上都具有较大影响。因此，那些早期一直由英国资助的教会组织纷纷转而为美国势力效劳，如内地会、圣公会、圣经公会、循道公会、五旬节会等教会，均不同程度地由英国系统转入美国系统，造成了美国势力在云南一统教会天下的局面，在一定程度上改善了教会的社会形象，提高了教会的社会影响。同时，由于得到了较多的物质支持，教会经济状况有所改善，对这一时期教会的较快发展起了促进作用。
基督教在云南少数民族地区的传播过程中，采用得最广泛的方式和手段，便是积极创制少数民族文字，借办学施教、普及文字教育之机推行宗教教育，培养少数民族传教士，并利用行医施药等手段拉拢人们信教。创制少数民族文字，是基督教各教会自本世纪以来兴起并不断发展的一股热潮。传教士们借推广使用少数民族文字之机，开办培训班，翻译出版宗教书刊，在少数民族中产生了极大的影响，从而也使基督教得到了较快的发展。自本世纪以来，基督教传教士们在云南先后创制和推广使用了苗文、景颇文、载瓦文、傈僳文、彝文、拉祜文、佤文、独龙文、纳西文、花腰傣文等少数民族文字。
少数民族文字的创制和使用，使基督教第一次有了借以在较大的范围内向少数民族大规模传教的手段。为推广和普及少数民族文字以促进传教活动的开展，传教士们先后共开办了近百所小学和中学，并开办了大量的各种形式的培训班和速成班，利用文字媒介强化人们的宗教意识和宗教感情，培养了大批少数民族传教士。尽管各教会对兴办学校教育的态度不尽相同，但在借文字教育和学校教育传播宗教的目的上却是一致的。这一点，不仅在各种培训教育中突出，就是在普通的学校教育中也很明显。在内地以及那些文化教育较发达的地区，教会的学校教育已经日趋明显地同宗教教育和宗教活动相分离，但在云南的边远少数民族地区，教会的学校教育还远没有从宗教教育和宗教活动中分离出来，教会从事的教育活动主要表现为合二而一的宗教教育和民族文字教育，教堂就是学校、学生就是信徒的现象十分明显。因此，在云南，传教士们热衷于创制和普及少数民族文字，以及开办教育的活动，也就对教会的扩张和发展起到了比内地更为有效的推动作用。
与利用普及文字及开办教育促进教会发展的“文字布道”一样，利用行医施药活动吸引人们信教，也是云南基督教的一种重要传播方式。由于当时云南少数民族地区的医疗卫生状况相当落后，传教士们便通过在当地开办医院和不计其数的施药点，而且还利用随身携带的常用药品，通过治病送药的手段，广泛发展基督教信徒。与内地有所不同的是，传教士们在边远少数民族地区从事的医疗卫生活动，更具有明显的宗教目的，常常对信徒和非信徒加以区别对待。许多人为了摆脱疾病的折磨，不得不放弃自己固有的信仰而皈依基督教。这也就导致了教会的医药布道活动，它对基督教的传播具有着不可轻视的促进作用。
少数民族文字的出现，改变了他们长期以来代代口传历史、刻木结绳记事的落后状况，并使基督教在云南众多的少数民族中具有了最为深刻而长期的影响。而文化教育和医疗卫生活动的开展，也使云南少数民族的日常生活不仅在观念上，而且在生活方式上都发生了巨大的变化。