基督教传入中国的历史通常以1807年(清嘉庆十二年)为开端。虽然早在1627年(明天启七年)，首批基督教传教士就由荷兰东印度公司派遣来台湾进行传教活动，到17世纪下半叶在台湾南部和中部发展了60%的高山族人信教，但1662年(清康熙元年)郑成功收复台湾后，荷兰人在台湾的传教活动也于1664年(清康熙三年)停止下来。1683年(清康熙廿二年)清军进驻台湾，所有的荷兰基督教传教士被驱逐出境，基督教在台湾的这一短暂传教时期遂告结束。

1807年(清嘉庆十二年)9月4日，英国伦敦会传教士马礼逊(Robert Morrison，1782－1834)到达澳门，三日后抵达广州，成为第一个来到中国大陆传教的基督教传教士。伦敦会(The London Missionary Society)是1795年(清乾隆六十年)主要由公理会和其他一些自由教会组成的一个传教差会，是基督教传教运动中影响非常大的一个组织。由于清政府当时仍执行闭关禁教的政策，所以马礼逊来华后，以东印度公司正式雇员的身份为掩护，一面延师学习中文、翻译《圣经》和编撰《汉英字典》，一面在广州、澳门等地秘密从事传教活动。1814年(清嘉庆十九年)9月9日，马礼逊在澳门秘密发展了第一个中国大陆基督教徒蔡高。蔡高是东印度公司印刷厂的雕版工人，在为马礼逊雕版印刷《福音书》中接受了基督教的信仰。不久蔡高的哥哥和弟弟也先后入教。1827年(清道光七年)马礼逊按立了第一个中国籍基督教牧师梁发。梁发也是一个雕版工人，表示要信教的时间还早于蔡高，但因其羞于在人前承认其信仰，所以直到1816年(清嘉庆廿一年)11月3日才在马六甲由英国伦敦会传教士米怜(William Milne，1785－1822)施洗入教。

继马礼逊来华后，英国伦敦会、美国美部会(后改称公理会)、荷兰传教会、美国圣公会、美国浸礼会、美国长老会、英国行教会(圣公会)、美国圣经会和大英圣书公会等，相继派遣传教士入华传教，但其传教活动极为零散，传教士亦大多奔波于中国沿海地区和南洋、马六甲之间，未能形成规模。来华传教士的活动主要集中在三个方面：广泛搜集中国情报，制造侵华舆论、鼓吹武力打开中国门户以及从出版、教育等各方面为大规模在华传教做准备。据统计，至鸦片战争前夕，受遣来华传教的基督教差会不足10个，传教士约50多人，但因清朝禁教政策的影响，在中国本土开展传教活动的只有24人，其中仅有8人曾在澳门和广州长期留居，受洗教徒不足20人。

鸦片战争后，随着1842年(清道光廿二年)《南京条约》等一系列不平等条约的签订，中国的国门被迫打开，广州、福州、厦门、宁波和上海开放为商埠，外国传教士得到久居中国和“传教自由”的保障，基督教各传教差会在不平等条约的保护下蜂拥入华，入华传教士人数迅速增加。但除个别传教士违约擅入内地外，基督教只限于在5个开放口岸开展传教活动。1858－1860年(清咸丰八－十年)《天津条约》、《北京条约》签订后，外国传教士获得进入内地传教的自由，大批传教士开始无所顾忌地进入内地各处活动。在此后的三、四十年中，基督教在中国的传教活动进入了一个新的发展期。至19世纪末，来自美、英及北美、欧洲各国的基督教各主要宗派的传教差会均先后入华，在华传教差会达130多个，传教士1500人，发展中国基督教徒8万多人。这一时期著名的传教士有英国的戴德生(James Hudson Taylor，1832－1905)和李提摩太(Timothy Richard，1845－1919)、美国的林乐知(Young John Allen，1836－1907)和丁韪良(William Alexander Parsons Martin，1827－1905)等人。

戴德生于1832年(清道光十二年)出生于英国，1854年(清咸丰四年)受英国“中国布道会”派遣到达上海，于1865年(清同治四年)创办“中华内地会”，并使之成为深入中国内地传教的先遣队。中华内地会是一个跨宗派的传教团体，主旨在于深入中国内地各省以最快的速度传教。1872年(清同治十一年)，内地会总部在上海建立，其传教士随之被派往湖南、广西、贵州、浙江、江苏、江西、安徽、湖北、山西、山东、四川、甘肃、陕西、云南、河南、西藏、新疆等地建立基层教会。1889年(清光绪十五年)，内地会成为国际性传教差会，在美国、苏格兰、瑞典和德国等国建立起内地会支会。到19世纪未，内地会在中国约有650名传教士，270个传教点，教徒约5000人，成为基督教在华的最大团体。到1936年(中华民国廿五年)，内地会共建立教堂1233所、设立分堂支会2261处、来华传教士共1326人、发展教徒9万余人。

与戴德生深入基层、到内地发展的传教策略迥然不同的，是李提摩太采用的接触社会上层、以社会政治改革和思想学术文化来促进传教发展的策略。李提摩太于1845年(清道光廿五年)出生于英国，1870年(清同治九年)受英国浸礼会派遣到达山东烟台。李提摩太主张不仅要向中国民众传播基督福音，而且要使中国文化基督化，只有使中国文化基督化，中国才能基督化。为此，他研究中国文化，热衷于与达官贵人交往，宣传西方文化，为推进中国的现代化出力，为清除基督教的传播阻力努力。他与李鸿章、左宗棠、张之洞、恭亲王、翁同龢、康有为、梁启超和孙中山等人均有交往，自1891年(清光绪十七年)起主持“广学会”20余年，对中国知识界影响甚大。

此外，美国监理会传教士林乐知曾多年任《万国公报》主编，并创立了东吴大学。美国北长老会传教士丁韪良曾出任清朝“同文馆”总教习20余年，并于1898年(清光绪廿四年)出任京师大学堂首任总教习。通过这些传教士的活动，基督教传教差会在中国城乡建立起大量教会，发展了众多信徒，并对中国社会政治、经济、思想、文化、教育、出版、卫生、慈善福利等领域产生了全方位的影响。

随着基督教在华传教事业的发展，为总结传教经验并协调各传教差会的在华传教活动，从19世纪下半叶至20世纪初的约30年间，来华传教士在上海先后召开了三次全国基督教传教大会。其中第一次大会于1877年(清光绪三年)5月举行，126名传教士作为正式代表出席会议，另有特邀代表16名。大会讨论了基督教与中国传统文化的关系、基督教的宣教方法、教义建设及中国教会自养问题。大会报告统计基督教至1876年(清光绪二年)时在中国已有29个传教差会、473名传教士、750名华人传道员。第二次大会于1890年(清光绪十六年)5月举行，445名传教士和3名中国代表参加了会议。大会讨论了17个专题，内容集中于《圣经》翻译、创办大学、加强出版等方面。大会报告统计基督教至1889年(清光绪十五年)时在中国已有41个传教差会、1296名传教士、1657名华人传道员。第三次大会(即基督教在华传教百年大会)于1907年(清光绪卅三年)4月至5月举行，1179人出席了这次大会，其中传教士代表500名，前来祝贺的各差会代表66名，在日本东京出席世界基督教学生同盟大会的许多代表作为来宾参加了会议。大会主要讨论了百年来基督教在华传教的得失，并提出了更适合中国社会的传教方针。大会报告统计基督教至1905年(清光绪卅一年)时在中国已有63个传教差会、设传教总站632个、支站4470个、来华传教士达3445人、华人传道员及教会职员达9904人，包括华人牧师345人。大会最后通过了《致中国教会的备忘录》、《致本国教会的备忘录》、《关于鸦片的备忘录》和《致中国政府的备忘录》。这三次代表大会，总结了基督教在华传教事业的得失，调整了传教的方向和策略，顺应了社会发展的潮流，为教会的进一步发展打下了基础。

由于基督教并未遵循宗教传播的正常途径，而是在不平等条约的庇护下，以武力为后盾强行进入中国内地的，不少传教士超出“保教”、“开放”范围四处传教，少数吃教仗教者以势欺人，加之清政府对洋人卑躬屈膝的态度，至使教民冲突激化成一个个教案，导致声势浩大的反洋教运动。据统计，从鸦片战争后到义和团爆发，全国共发生大小教案约400余起，其中多数是针对天主教传教士的，但跟基督教有关的教案也不少。如1848年(清道光廿八年)爆发的江苏青浦教案，就是基督教传入后的第一件教案。该教案由上海伦敦会传教士违反地方规定擅入青浦县城散发福音书引发，在英国政府的要挟下，地方官吏被革职查办，10个乡民受刑，赔偿传教士白银300两。1868年(清同治七年)爆发的台湾凤山教案，由教徒庆清凤欺压乡民引发，在英军的武力威胁下，地方官员被革职和赔款，中国还被迫放弃台湾官丁的樟脑专卖权。1868年(清同治七年)爆发的江苏扬州教案，由戴德生仗势强行租房设堂引起，结果以扬州知府被撤职和赔款给教堂而告终。1886年(清光绪十二年)爆发的重庆教案，由英美基督教会在重庆强行造堂引发，结果是英、美公使向清政府巨额索赔，2名中国人被处死。这些教案无一不是由教方引起，而无一不是由民方失败而告终。

1900年(清光绪廿六年)，义和团运动爆发，它既是以往重大教案积累导致的结果，更是反洋教运动所达到的顶峰。在义和团运动中，外国基督教传教士约有188人被杀，中国基督教教徒被打死者亦达5000余人，基督教教堂约四分之三被毁。义和团运动后，基督教会内部的部分进步人士开始反省和总结其在中国存在及发展的经验教训，认识到靠不平等条约的保护、凭借武力和高压并不能够赢得中国人的民心，因此开始注意避免卷入民教之争，尽量减少与中国思想文化的冲突，缓和其社会生存及交往中的矛盾，此后教案趋于平息。

20世纪初，中国社会经历了一系列深刻的社会变革：义和团运动和八国联军侵华，《辛丑条约》的签订和庚子赔款，辛亥革命和中华民国的建立，袁世凯复辟帝制和护国运动等等，特别是发生于1911年(清宣统三年)的辛亥革命，推翻了近300年的满清王朝，建立了民主共和国，成为近代中国社会最深刻、最根本的一次变革。中华民国的《临时约法》中明确规定“中华民国人民一律平等，无种族、阶级、宗教之区别”，人民享有“人身、居住、财产、言论、出版、集会、结社、宗教等自由”。在民主共和的政体中，基督教的合法地位受到法律的保障。一系列的社会变革，为基督教提供了新的社会环境，使在义和团运动中遭受重大打击的基督教重新崛起。基督教传教士逐渐认识到，要消除中国人对外国人和传教士的仇恨和排斥情绪，传统的以宣讲教义、巡回布道、散发宗教宣传品等手段“直接布道”的方式必须改变，以兴办文化、教育、出版、卫生、慈善福利事业来影响中国民众以达到使中国基督化的传教方式蓬勃兴起，英美的传教机构也加紧了派遣传教士到中国创办学校、医院和慈善事业的步伐。这一时期中国的教会大学无论在数量上和质量上都比以前有了明显的进步，教会大学传授西方文化和科学技术，客观上适应了中国人民求变革、求富强的需要，教会学校中的宗教教育也使一部分青年知识分子接受了基督教，或者即使不信教，对基督教也不反感，从而使教会得到比较迅速的发展。

据统计，基督教来华的差会，1900年(清光绪廿六年)有61个，到1919年(中华民国八年)增加到130个，20年内增加了1倍多；来华传教士1900年(清光绪廿六年)为1500人，到1919年(中华民国八年)增加到6636人，20年中增加了4倍多；全国教徒1900年(清光绪廿六年)时为8万人，到1920年(中华民国九年)总数达36万多，20年间增长了4.5倍。在中国基督教徒增长的同时，中国的神职人员队伍也开始形成，尤其是1907年(清光绪卅三年)以后，按立的中国神职人员逐渐增多，1906年(清光绪卅二年)接立的中国牧师为345人，到1919年(中华民国八年)增加到1065人，增长了约3倍。

1913年(中华民国二年)，美国著名布道家穆德(John Raleigh Mott，1865－1955)来华发起召开全国基督教第一次大会，150名代表参加了会议，中国代表占三分之一。会议成立了一个全国基督教中心机构“中华续行委办会”，诚静怡任总干事。在全国大会上，穆德提出要对中国基督教的现状和有关中国的国情作周密的调查研究，以便对中国的传教事业形成清楚和明确的计划。这项大型调查历时3年，取得的成果于1922年(中华民国十一年)以《中华归主》为书名出版。

为推行“中华归主”的目标并与《中华归主》调查相呼应，1919年(中华民国八年)12月，中华续行委办会在上海召开大会，正式发起“中华归主运动”，以回应五四运动后全民高涨的反帝爱国热情。大会决定继续展开全国性布道运动，并成立了“中华归主运动委员会”，成为中华续行委办会内的一个机构，余日章为委员长。然而中华归主运动受到各种爱国运动、尤其是非基督教运动的冲击，名存实亡，不可能造成大的社会影响。

1919年(中华民国八年)五四运动后，知识界盛行民主科学的思想，民众的反帝爱国热情高涨，基督教作为一种与帝国主义侵略中国的活动有千丝万缕联系的“洋教”，受到极大的冲击。1922年(中华民国十一年)，世界基督教学生同盟在北京召开大会，引发非基督教运动。运动以北京、上海、广东为中心，迅速波及全国各大中城市。1924年(中华民国十三年)，国共两党正式合作，中国革命再掀高潮。在新的革命形势下，以反对不平等条约、反对教会教育、收回教会学校教育权为中心的非基督教运动再次掀起，国共两党的领袖也对非基督教运动表示支持。此次运动波及面更广，不仅各大中城市，就连不少县城、乡村也成立了非基督教同盟。1926年(中华民国十五年)7月，国民革命军开始北伐，非基督教运动进入高潮。北伐军所到之处，教会学校的学生再次举行罢课，迎接革命高潮的到来，非基督教人士也四处发表演说，散发传单，有些地方还发生了冲击教堂、驱逐外国传教士的行动。直到1927年(中华民国十六年)大革命失败后，非基督教运动才随之结束。

长达6年的非基督教运动，使教会陷入空前的危机，由此亦引起中国教会及其信徒的反思与觉醒，开始重新审视他们应该选择的道路。非基督教运动在思想上对基督教提出了挑战，对中国基督教来说，它既是一次打击，又创造了一次机会，它使中国基督教内的有识之士自觉提出自养自立的本色教会运动，为中国教会的自立自养及本色化提供了动力和机会。中国基督教的自立思想和实践始于19世纪下半叶，非基督教运动则加速了教会自立的进程，至1927年(中华民国十七年)，全国基督教自立会已达600余处。而教会的本色化运动，则正式提出中国“本色”教会由中国人“自养、自治、自传”的“三自”原则。与教会本色化运动同时，基督教在华各教派纷纷走上联合之路。本色化运动与教会合一运动，形成了20世纪初叶中国基督教内改革的一股潮流，对后来基督教在中国的传播亦产生了一定的影响。