原始社会对人口的迫切需要，导致原始先民产生了炽热的生殖崇拜。人类的繁衍，是人类自身生产的结果。但是，古代人类曾在一个相当长的历史时期内，并不知道男女性交与生育之间的关系。当时人们认为，女人之所以能够生育，并不是她们与男人性交的结果，而是女人与某种图腾接触或受到某种灵物触及的产物。随着社会生产力的发展和人们思想认识能力的提高，当人们开始知道男女生殖器与生殖的关系时，便在万物都有灵的观念支配下，转而把生殖器当作一种神秘物而加以崇拜。一般而言，生殖崇拜主要表现于男根（男性生殖器）和女阴（女性生殖器）崇拜。

云南少数民族中，女阴崇拜现象较为突出。女阴崇拜一般是将女性生殖器官的功能神秘化，把其神秘功能依托在某种状似女人的大山或某种状似女性生殖器的岩穴、石狭缝、沟槽等自然物，然后对之祭祀。宁蒗县的摩梭人、普米族等民族，就流行女阴崇拜。在宁蒗县的永宁区和木里县的屋脚地区与盐源县的前所区交界地方，有一座称作“喇孜山”的大山，其山半腰有一个称作“喇孜尼可”的天然岩穴，穴内有一尊形似裸体女人的天然石像，被当地摩梭人、普米族、藏族奉作“巴丁喇木”女神，把它当作主宰妇女生育、增添孩子的女性神灵而祭献。祭献活动于每年农历三月进行，届时由巫师带领附近各村的青年男女到“喇孜尼可”岩穴附近祭献酒、肉、鸡蛋、炒面、水果等品，并由巫师带领众人向女神叩头，同时进行保佑生育女子健康的巫术。

居住在永宁泸沽湖畔的摩梭人，则视格姆女山为主宰生育、代表妇女崇高地位的格姆女神而顶礼膜拜。格姆又称“狮子山”，由石灰岩构成，状似头缠包头巾的妇女，山脚下有许多排列起来的山梁和峡谷，其状下细上粗，当地上者波村的居民视坐落在该村上边的一条峡谷为格姆女神的生殖器，视两侧的山梁为女神的两条大腿而加以崇拜。祭祀格姆女神最为隆重的日子是每年农历七月二十五日，届时由巫师或僧侣主持，于祭场上点燃熊熊篝火，青年男女要向女神敬献供品，并往篝火上洒酒，丢鲜花，以示祈求人口兴旺，五谷丰收。永宁地区摩梭人的“母系衣社”（指永宁摩梭人的比母系氏族小、血缘关系更加密切的母系血缘组织）为了求得人丁兴旺，一般也要到上者波背后的山沟里祭祀状似格姆女神生殖器的峡谷。此外，当地摩梭人还崇拜主宰妇女生育、保佑婴儿健康的“那缔”女神，祭祀此神时，由巫师用树枝或麻杆编制一个方形框，中央插一根竹竿，上边拴上若干彩色布条，此祭物称为“那蹄底基”，象征“那缔”的住房，房子内供奉一个用糌粑捏成的大肚女人像，象征生儿育女。

居住在中甸县三坝区白地一带的纳西族，其村寨坐落的背后山上有一个白水潭，此潭水含钙镁量极高，在流水源头下端，经流水内的钙镁终年凝结，形成了无数条雪白的凸壁梯田状，凸壁最大的地方犹如女子生殖器，无子嗣的男女往往到此凸壁狭缝前烧香叩头，希望能求得生育能力。白族也遗存女阴崇拜的遗迹。在距今剑川县城约20多公里处的石宝山上，散布着16处石窟和摩岩造像，其中石钟寺第8窟分上下两层，上层正中央雕有一个仰莲座，莲座上有一块三角形的石头，此石正中凿有一条扁长的石槽，象征女性生殖器，当地白族称之为“阿姎白”，所谓“阿姎”意即“姑娘”，“白”意为女人的生殖器，不育妇女往往携带祭品前往祭祀。

男根崇拜，主要流行在纳西族、普米族、白族、傣族、哈尼族和佤族中。其崇拜特点是将男性生殖器官的神秘功能附托在某种状似男性生殖器的石头或木棒上，从而加以祭祀。

在永宁和四川木里县俄亚乡及其附近的摩梭人有较为完整的石祖崇拜。该乡卡瓦村西南有一座“阿布流构山”，山东北坡上有一个岩洞，洞的东面经终年积水而成池，洞中央有一平台，在靠近洞口的平台有一个天然的钟乳石柱，其状成顶尖、根粗、顶部深凹，摩梭人称它为“久木鲁”，意即生孩子的石头，与男性生殖器“巴窝”具有同样含义。由于“久木鲁”，上方也有一个钟乳石柱，经水终年滴在“久木鲁”上，使“久木鲁”深凹处盛有不少积水，当地居民把这种积水称作“哈吉”，即祭祀的水，与精液“达吉”意义相通。当地的风俗，已婚妇女为了求生育，要祭祀“久木鲁”。祭时，由巫师、求育的妇女及其丈夫、结婚时的伴娘陪同，先由巫师在洞内烧香祭祀，然后妇女和丈夫跪于烧香坛前叩头，巫师口中咒念：“天让你生孩子，地让你生孩子，左边的人祝你生孩子，右边的人祝你生孩子；摩梭人愿你生孩子，西番（即普米族）人也愿你生孩子。在神的保佑下，今后你会身体健康，生儿育女”。咒念完毕，求育妇女和伴娘便到洞内水池里洗澡，这样，便认为具有了生育能力。洗澡完毕，要在“久木鲁”处喝“哈吉”，喝水方法是，由巫师递与妇女一根空心竹管，由妇女将空心竹管斜插在“久木鲁”积水处吸饮，先后吸饮三次，据说日后便获得生育的能力。

在宁蒗县的达坡村附近，有一座状似男性生殖器的山岗，也被当地摩梭人当作男性生殖器而加以崇拜。纳西族和白族也有过男性石生殖器崇拜。中华人民共和国成立前在丽江县大研镇北门坡上面立有一块高约七八尺的圆锥状白石头，象征男性生殖器，纳西语称此石为“玛子兹”，当地的纳西族和附近的白族妇女，婚后无子嗣者或替第一个孩子取名时，都要到石祖“玛子兹”面前祈拜，意为让石祖赐与生育能力，保佑孩子健康。在漾濞县城南有一条江，江心有一块圆滑的石头，上部露出水面，状似男子生殖器，中华人民共和国成立前，当地白族妇女也常将此石当作能保佑自己孕育或多育的神石而加以崇拜。

在西双版纳曼达乡傣族中，过去很多人家都保存有男女性生殖器模型崇拜物，男性生殖器模型称作“坐记布”，其质料用澜沧江里经过长年冲磨而带红色或赭色的卵石代替；女性生殖器模型称作“坐记咪”，质料一般用缠绕在树上的弯形藤条代替。此外还有男女性交状的性器崇拜物，这是男根女阴崇拜相结合的一种产物。这些生殖器模型，平日藏于室内，避讳妇女看见或抚摸，遇有战事，将之带在身边，据说可以起到保护人的作用。居住在西双版纳勐海县的哈尼族，过去每个村寨的入口处都要设一个寨门，寨门上面两边要设一男一女裸体人像，借以象征寨内人口是男女赤身裸体经过交合而繁衍出来的。中华人民共和国成立以前，在佤族中，其头人“窝朗”所建盖的房屋主火塘一端的屋脊上或“鬼门”上，都要刻制一个突出五官和生殖器的裸体男子人像，以示威力。这些都是佤族生殖崇拜的遗留。