自然力包罗万象，而各种自然力对人类所产生的影响是不同的，对人类生产生活的关系也不一致。有的自然力对人们的生产生活关系密切，影响较大，而有的自然力对人们的生产生活关系一般，影响也就小。与此相适应，人们对自然物的崇拜程度也不平衡。自然崇拜虽然遍及世界各民族，但具体崇拜的对象和表现形式则各不相同。自然崇拜的具体形式是与该民族的自然环境、生活条件、心里素质、社会经济的发展状况大致相适应。如云南，由于自然环境千差万别，各民族的社会经济发展极不平衡，所以这里的自然崇拜也就表现出千姿百态的特点。他们中，傍山的视山之巍巍神奇而出诸多山神；临水的视江湖之浩瀚而出几多水神；无山无水的出地神；多风多雨的出风雨神，遍地都是石头的出石神；日夜离不开火的出火神。总之，自然神的出现，必定与当地自然环境有密切关系。
云南少数民族对宇宙万物，首先是对天，产生莫大的敬畏感，认为苍天在上威力无穷，为祈求天下万物生机蓬勃，就要取悦天神和天鬼。景颇族认为天神在所有自然诸神中威力最大，地位也最高。为祈求村寨安宁，水草丰茂，谷物丰产，他们每年都要举行庄严的祭天仪式。村民在自家的地里烧香叩头，并宰鸡一只，使鸡血迸向天空，请苍天神灵享用，祈求风调雨顺。武定、禄劝地区的彝族，逢年过节都要例行祭天。他们在村寨附近的山林中建造祭天棚，内供天神，其天神偶像是一节尺许长的竹筒，上端削尖，筒里填入羊毛、草根、米粒。意思是祈求天神天鬼不忘人间人畜草木，施以阳光和甘露，使人畜草木生机盎然。
白族地区设有专门的祭天坛，每年九月举行祭天仪式。祭天牺牲用一头牛，届时村民汇集祭天坛，磕头祷告天神天鬼恩赐风和日丽，不降冰雹或旱灾，保佑人畜安康，谷物丰产。哈尼族每年七月都要例行祭天仪式。他们采集新鲜的松树枝叶铺垫祭坛，内供三桌祭品，摆瓜果饭酒各九碗，火钳九把，女人不能参加祭天。男人按年龄长幼排列朝天叩头。巫师念诵祭天经，祈祷苍天之灵保佑村民人畜兴旺，谷物丰产。独龙族特别崇拜天神天鬼，他们的仪式是剽牛祭天。届时，巫师牵牛绕村寨一周，然后把牛拴在村寨中央的杀牛桩上，先由一群青年女子在牛角上挂上珠串和鲜花，在牛背上覆盖一幅绣花麻布。然后由一骁勇男人持锋利竹矛猛刺牛腋。这时众人敲响鋩锣，挥刀舞矛，呐喊助威，并跳牛锅桩舞。牛被剽死后，按人平均分割，当场烧食，共祈苍天庇护来年水草丰茂，牲畜多产。
纳西族祭天仪式更为隆重。他们用象形文字书写的东巴经《崇搬图》里详细记载着纳西先民的祭天仪式及其起源。古纳西语称祭天为“美补”，虽然各地纳西族对祭天有不同的称名，但其意义和内容大致相同。中华人民共和国成立前，每个纳西族村寨都有一个或几个祭天坛，纳西语叫“美补当”。普米族的祭天仪式别具一格。他们每年都要举行一次全村寨的祭天仪式，普米语称为“诺提”。祭期是每年的农历二月十五日。他们与纳西族、藏族一样祭天要设立专门的祭坛，祭天以后，家人才能外出从事生产活动。
云南少数民族对苍天无限崇拜的同时，对大地也赋予虔诚的信仰。他们认为大地乃是一个庞大的生物，因为大地能够生养万物，是一切生物的母体。云南少数民族崇拜大地，祈求大地神施予人类恩泽，滋育万物生长，使人类有食不尽的丰美食物，因而有各种祭地仪式。例如景颇族从砍伐山林到烧地播种，都要先经过巫师占卜。然后由各村寨专门负责主持土地祭祀人举行破土仪式。村民携带食物供品到刚要耕种的土地上叩头祝祷，祈求土地神恩赐当年谷物丰收。布朗族的祭土地仪式由巫师主持。祭时，家庭成员要全部汇聚在院坝里，巫师在门前插上木桩，桩上戴一顶斗笠帽，象征家人。然后杀鸡祭祀，并供献米、洒、茶。巫师念诵祭土地神经，祈求土地神保佑当年谷物蔬菜丰产。昆明彝族建有专门祭祀土地神的土主庙，内供土主偶像。村民每逢春播或秋收季节，都到土主庙焚香供献祭祀土主神，祈求地母神保佑谷物丰产。巍山彝族称地母神为“米斯”，用一束树枝代表“米斯”地母神。每年农历正月初一村民到巍宝山林中杀鸡祭祀“米斯”地母神。祈求地母神养育谷物长势良好，谷粒饱满。
除天地而外，云南少数民族把日月星辰、风雨雷电也奉为崇拜的对象。原始先民对昼夜的交替变化莫知所以，甚为惊异，认为日月星斗跟人一样有喜怒哀乐，坚信日蚀、月蚀现象是日月被天狗吞食了或是患了病，对此极为恐惶。这种天体崇拜的遗迹还在云南少数民族中保存。例如彝族每逢农历冬月二十九日要杀一只白雄鸡祭太阳，巫师念诵《太阳经》，祈求太阳神庇佑人间光明长存。阿昌族各家堂屋都供奉一尊泥塑或绘图的太阳神偶像，每逢月初，供献酒肉茶饭祭祀太阳神，祈求太阳神保佑家庭安康。藏族也崇拜太阳和月亮神，并认为太阳庇佑男人，月亮保佑女人；他们的男性多以“达瓦”（太阳）命名，而女性多以“尼玛”（月亮）命名。在他们的观念中，太阳、月亮都是光明，幸福和吉祥之神。
云南许多少数民族，对雷鸣电闪、暴风骤雨也存畏惧心理，祈求这些自然神祗能理解人们的要求和愿望，顺应人们的生存要求，年年风调雨顺。哈尼族、傣族、基诺族、彝族、布朗族都有祭雷风俗。他们把旧石器时代遗留下来的石斧、石杵等刮削器作为雷神偶像崇拜祭祀。基诺族每年六月举行祭雷仪式。每个家庭在门前竖三棵竹竿，用刀在竹竿上刻画雷电的纹形图案，竹竿下供猪鸡祭祀雷神，祈求人畜安康，免遭雷击。哈尼族特别重视祭雷，日期在每年的第一次春雷响过之后第三天。祭品必定要用糯米面揉成汤圆团，故此也称“汤圆祭雷”。祭雷仪式由每个家庭单独进行。届时，在家院里摆一张篾桌，供两碗汤圆，一碗内撒一摄盐，代表白汤圆；另一碗内撒一撮黑芝麻粒，代表黑汤圆；并供清水一碗，内放生姜三片，清水象征当年即将降临的雨水，生姜象征万物抽芽。
自然环境和自然物的不同特征，构成自然宗教不同特色。尽管自然环境和自然物在自然宗教中得到的是歪曲的反映，但是没有富于特征的自然环境和自然物就没有富于特色的自然宗教。云南地貌复杂，山势千姿百态：有雄伟的山，险恶的山，秀丽的山；或肖人，或状兽，或似公，或像母，抑或呈器物。云南各少数民族以山势的不同特征来按各自的想象、愿望、思维、意识来塑造各民族自己的自然神祗。
人类的生存离不开自然环境，而不同的自然环境又可以塑造不同的民族心理素质，不同的宗教信仰和不同的民族文化。云南少数民族中，盛行山崇拜的主要是彝族、藏族、纳西族、摩梭人、普米族、傈僳族、哈尼族、拉祜族、佤族等。这些民族世代生息在高原山区，山对他们的生产生活密切相关，由于古代社会狭隘的生产关系和低下的生产力，山的神秘感使其先民产生歪曲的反映和虚幻的感觉，从而产生种种膜拜和祭祀仪式。例如彝族认为高山是神灵的住所，是通往天神的途径和撑天的柱子。在他们的原始宗教观念中，山是山神的化身，山神有撑天之力，在自然诸神中，山神的力量最大，它能制服一切鬼邪。小凉山的彝族巫师为人禳灾祛邪时念的《请神经》中，所祈请的大多数是山神，举凡他们的先民历史上迁徙路线中所经过的崇山峻岭以及现在居住区的主要山岗都是他们崇拜的山神。例如小凉山彝族崇拜的主要是“塔尔补惹”山、“木碓窝”山、“石菩萨，山、“羊窝子”山等。在许多彝族地区，彝族把山神作为地方保护神而进行祭山活动。昆明彝族支系阿细人的村寨多建有简陋的山神庙，以石头和树枝作为山神的象征供于庙内，逢农历四月一日杀鸡祭祀，祈求山神保佑村寨人畜兴旺。
普米族和藏族对山也很崇拜。他们认为山有山神，若祭祀虔诚，山神就会给人带来风调雨顺、谷物丰产，反之，山神就会给人们降灾，造成旱涝灾难，人畜患病。普米族的汗归教（原始宗教）有很多赞颂诸方山神的文字经和口诵经。他们的祭山仪式很隆重。如宁蒗、兰坪等地的普米族，祭山神须用一只花牛作牺牲，平时花牛在村落里随便吃庄稼，村人也不敢伤害它。祭山神日期各地不统一，一般在农历九月初五和三月十五日。届时，村人携带祭品到山上祭祀，祈求山神保佑人畜兴旺，谷物丰产。普米族还把他们世代生息的山视为远祖，赋之人格化，顶礼膜拜。如永宁普米族，把该地的“木抖湿乌山”视为“舅祖山”，祭山时，先呼唤该“舅祖山”前来享牲，然后才呼唤其它山神来享牲。
藏族和普米族现在仍然保持着传统的宗教习惯法，即在封山季节，任何人都不准在他们居住区的山上砍伐树木，否则发生旱、涝、雹、虫等自然灾害，肇事者必须赔偿经济损失。藏族、普米族的村落的岔道隘口都有用石块砌的“嘛尼堆”，过往行人到此小憩，须丢置一物或一石在嘛尼堆上，表示对此地山神的虔诚祭献，以求山神保佑他们平安翻越山岭。他们还认为山神主宰着人畜伤病，凡被荆棘、尖石戳伤身体而流血化脓，就认为是触犯了山神，因此要到山上焚香、叩头，并请巫师和僧侣诵经祭祀，祈求山神消除伤痛。
佤族把山视为与本族有亲缘关系。如沧源县佤族，将一座名叫“鹿埃姆”的山称为哥哥山，另一座名叫“鹿埃松友”的山称为妹妹山，并且认为它们是一对夫妻。这是远古兄妹通婚的血缘家庭在自然崇拜中的再现，人们祭祀“鹿埃姆”山时须用公牛、公猪、公鸡作牺牲，祭祀“鹿埃松友”山时，则须用母牛、母猪和母鸡。
永宁摩梭人对山的崇拜也颇具特点。他们崇拜的诸山中，有男山也有女山，女山中著名的是“格姆”女山（汉名狮子山），该山屹立在永宁盆地东面，俯视着永宁坝泸沽湖。摩梭人认为格姆女山不仅主宰着永宁和泸沽湖地区的人口兴衰、农业丰歉、牲畜增减，而且还司管着妇女们的身体健美、婚姻顺利和生育旺盛。摩梭人为求得格姆女山神的福佑，在每年农历七月二十五日，举行地区性的公祭格姆女山活动。摩梭语称之为“格姆刮”（意为拜女山）。届时，人们以村落或家庭为单位，身着盛装，携带供品到山中祭祀，祈求女山神保佑当地人畜兴旺，谷物丰收，妇女身材美丽，生育旺盛。青年男女还采集鲜花，丢入篝火中，祈求女山保佑婚姻美满幸福，并在山中唱歌跳舞，谈情说爱，结交情侣。
云南少数民族中，与山崇拜密切相联的是石崇拜。云南地处高原，山多石多，石头与各族人民的生产生活有着十分密切的联系。从原始时代起，由于人们对石头缺乏科学的认识，把它当作神灵加以崇拜，并一直延续到中华人民共和国成立以前。现在，云南少数民族中还残存着石崇拜的遗迹。例如洱海地区的白族人民保留着崇拜石崖的习俗，剑川县的蟒歇石崖，洱源县牛街的观音崖，大理苍山的凤眼洞、龙眼洞石崖，邓川的石窦香泉崖等，都常有人前往烧香叩拜，以求人畜兴旺，谷物丰产。凡路经石崖下的人，也要插一炷香于石崖的洼处，认为这样可保清吉平安。
路南彝族支系撒尼人的村寨都有间小茅屋，里面供奉着一块石头代表山神，经常有人向它祭献。他们认为石头代表山神，能保佑小儿健康，有的人家还以石头作为孩子的名字，拜石头为儿童的保护神。哈尼族支系叶车人的村头，都有一片丛林作为寨子的“根”，在丛林中的一棵古老栗树下立一块石头作为护寨神。人们在丛林中祭祀时要杀猪，用带叶的小金竹插在神石周围，又将猪头端到神石前供奉，以猪作牺牲，祈求石神保佑山寨人畜兴旺。景东彝族，每家楼上都搭有土台供案，上面供一块石头，称之为“金米路”。石块后插一根三个枝丫的松枝，象征家里人丁兴旺。他们认为这块石头是神物，若触犯了它，家人就会遭灾。纳西族的东巴经说，最初的造物神是“东”和“色”，即阳神和阴神。石头象征“东”、木头象征“色”。东巴做道场，必须用米祭一块小神石。每家都有一个神箩，里面放些鹅蛋石代表家神，加以敬奉。每家门口还竖立着每个底边直径约5寸，高约1米的锥形石头，左边的叫“陆阿普”，右边的叫“瑟阿主”，是家庭的护门神。藏族、普米族、纳西族、摩梭人以及大理、剑川一带的白族崇拜锅桩石，即架锅煮食的三块石头。他们把锅桩石作为灵物崇拜，任何人不能在这三块石头上跨过，每用茶饭之前，总要向三块石头献少许食物，逢年过节也要首先祭献锅桩石。现在多数地区的锅桩石已被铁三角架代替，但人们对锅桩石的崇拜习俗仍保持着。云南有些少数民族至今还流行把历史上遗存下来的新旧石器作为“雷斧”、“天杵”加以崇拜。如小凉山的彝、普米、纳西、摩梭人、傈僳等民族至今仍把新旧石器视为圣物而珍藏起来，若家中人畜患病，则把石器烧烫放于凉水中，然后使患者饮下，认为石器圣水能驱邪治病。
一切生物离不开水，但它也能泛滥成灾，吞噬生物，危害人类。所以，在人类社会的初期，水被原始先民视为神圣和神秘之物，从而产生对水的崇拜。祭圣水、圣泉、神井等在各民族中都流行。云南少数民族水崇拜的特点是主要崇拜泉水（俗称“龙潭”）。这是因为云南少数民族多居住在山区，由于特殊的自然环境关系，山区普遍有山泉，而少江、湖，所以人们对水的崇拜主要是山泉崇拜。
云南少数民族中，特别崇拜山泉水的是世居高原山区的普米族、纳西族（摩梭人）、藏族、佤族等。纳西族的东巴教，摩梭人的达巴教，普米族的汗归教和藏族的本教，都有很多赞颂泉水神的经典，祭祀泉水的宗教活动亦很频繁。这些民族每年都有两次固定的全村人公祭泉水（龙潭）的活动。祭祀日期各地不统一，但一般是在春、秋两季举行。祭祀内容和程序虽然各地不尽一致，但基本内容是相同的。届时，人们携带各种祭品到本村落附近的泉水处祭祀，插经幡，献供品，焚香叩头，祈求泉水神保佑水草丰美、人畜兴旺、清吉平安。摩梭人和藏族、普米族习惯把崖穴中的幽泉视为能治疗妇女不孕症的圣泉。如川滇交界的永宁、木里等地的藏族、普米族和摩梭人的不孕妇女，经常成群结队去当地的喇孜山乌角崖穴内祭祀泉水神，她们在此焚香、叩头、祷告继而或在泉水边舀泉水沐浴，或饮三碗泉水，认为圣泉水能洗涤污秽，通经活血，赐予妇女旺盛的生育能力。
宁蒗一带的摩梭人和普米族凡成年人正常死亡后须用历史上本氏族或本村落传统的泉水洗尸。由于各地的男女在社会生活中的地位不同，他们所用的洗尸水也不同。永宁母系制摩梭人的女尸用9碗洗尸水，男尸用7碗洗尸水，表示女贵于男；蒗蕖的摩梭人和普米族则是父系制，男尸用9碗洗尸水，女尸用7碗洗尸水，表示男贵于女。用泉水洗尸也是一种水崇拜的形式。他们的宗教观念认为，用泉水洗尸是用圣水洗涤死者的生前的罪孽，使洁净的灵魂返回祖源地与本氏族祖先团聚。他们把山泉视为神圣净洁的处所，任何人不能砍伐泉水旁的草木，不准大小便，甚至禁忌在泉水旁淫言秽语。他们认为一切污秽的言行都会触犯泉水神，为此会降罪患病，人畜不安。
佤族的祭水习俗也颇具特点。如西盟佤族每个氏族专有负责管水的和主持祭水精灵的氏族长（窝朗）。各个氏族每年的祭祀活动从祭水开始。祭水时，全村男子参加，先由祭司为新引来的水祈祷，并接第一筒水，用这筒水在负责祭水的窝朗家煮饭。除了以村或氏族为单位的集体祭水外，许多家庭为了祈求保证自己有水用，常单独举行祭祀。许多群众的引水槽，就建在每个氏族的木鼓房附近。每个氏族的两个窝朗中，就有一个窝朗专司水槽。管水槽的窝朗和管木鼓的窝朗同样都以鸡卦卜选，卜选后实行兄终弟及的继承制度。另外，居住在江、湖沿岸的少数民族还有崇拜江、湖的习俗。金沙江畔的傈僳族，每到涨潮时期都在江畔焚香、叩头、祭祀，以祈求江水神灵免降水灾，并祈求赐给生物（即被江水冲来的生物）。还有居住在泸沽湖畔的摩梭人称该湖为“谢纳咪”，即称湖为母亲，把湖当作养育当地摩梭人的母亲来崇拜。
人类社会的初期，原始先民不会生火，把天然发生的火，如雷火、火山等看得非常神秘而恐怖。人们偶尔发现野火焚烧森林以后，残留着有香味的野兽尸体，便认为火是能够吞噬活物的神。当人们发现火给自己带来熟食、温暖等好处或有时也带来灾害之后，由此产生对火的崇拜，并形成许多祭仪和禁忌。纳西族、摩梭人、普米族和藏族特别崇拜火。他们对地界诸神中重点歌颂的是火神，把火作为光明和财富的象征。他们历来有烧长明火的传统习俗，每家的火塘是家庭火神驻所，每日三餐都要例行祭祀火塘里的“藏巴拉”火神。他们笃信火塘里的火焰旺盛、火星迸溅，就象征和预兆家庭财运发达，人畜兴旺，特别是清晨的火塘里，发出哗哗的燃烧声，则预兆当日必有贵客和财运来临；反之，若火塘里的火焰忽明忽暗，认为晦气临门。达巴教、汗归教和本教的经典中有赞颂火神的内容。他们认为鬼邪都是畏惧光亮的。因此巫师在为人消灾祛殃时，特别是在驱逐全村落的瘟疫鬼时，定要手执火把，抛撒火灰，用火神的威力驱逐瘟鬼。
在葬仪方面，藏族、普米族和摩梭人都盛行传统的火葬，认为火葬是把死者的灵魂送入天界，故火葬者必须是正常死亡的成年人；凡摔死、吊死、患瘟疫死、溺死和孕妇、儿童等死者均不能火葬，而要土葬，表示埋尸于地下，使其灵魂永世不能转生，以绝其亡灵危害人畜。他们还禁忌用脚跨过火塘，以免亵渎火神。另外还禁忌用口气吹灭火，用水淋熄火，只能用土灰掩灭火。凡此种种习俗，都与古老的拜火信仰有关。
佤族也有拜火的习俗。他们每年要以村落为单位，举行取新火祭典。沧源县佤族，取新火仪式由村主任主持。他们以竹子摩擦的方式取火，每当擦出新火时鸣放土炮祝贺。各家要用火把点燃新火种，并将火种拿到家里升火。他们认为取得火种和保存火种是非常重大的事情。在保持刀耕火种方式的佤族地区，焚烧林地要在祭火的同一天进行。由卜选出的某家负责杀一只鸡，把鸡血滴在五把竹把上，然后将竹把分别交给五个青壮年男子，由他们先点火，最后其他的人才跟着点火。并要杀猪奉献，祈求火神烧出肥沃的土地。
布朗族亦崇拜火。他们禁止任何人从火塘上跨过，认为那是对火神的亵渎。布朗族保有刀耕火种的生产方式。每年烧山前，他们都要向火神祭献，求火神保佑烧出肥地，并祈求火神不要把火燃烧出界。又因火既能给人们带来便利，也会给人们带来灾难，为免除火灾，他们每年都要举行送走那为害的火神仪式。他们在竹箩里放置茅草，让其顺水漂去，表示送走了火神，希望它别来为害人们。类似的烧地祭火仪式在保有刀耕火种耕作方式的其他民族中也不同程度地保存着。