元代，由于元世祖对宗教持宽容态度，基督教再次流入中国。此时传入的基督教有两个派别：一个是景教（聂斯托里派），它虽然于唐代末期在中国本土灭绝了，但仍然流行在蒙古、中亚诸地，此时又进入中国；另一个是罗马天主教，由于当时罗马教会派遣特使来华活动，因而也开始在中国内地有所传播。当时，基督教在中国的这两派都被称为“十字教”，它们的信徒被称为“也里可温”，蒙古语意为“有福之人”，所以人们也常常把这两派基督教统称为“也里可温教”。

在元代入华的两支基督教派别中，景教一支随蒙古族入主中国，曾在中原地区盛行一时，连皇亲国戚都成了它的信徒，如《马可波罗游记》中记载，元世祖之母别吉太后、皇后乃马真氏与怯烈氏均为该教信徒。由于元统治者对各种宗教的宽容和支持、提倡，该教在北方燕京、甘州、宁夏广设传道机构，并在南方镇江、杭州、泉州、扬州、温州等地遍设教寺。其中最有名的是担任镇江府路总管府副达鲁花赤的马薛里吉思在镇江、杭州兴建的七所景教寺。此时，根据《元史》的记载，当时的景教信徒遍及山西、陕西、甘肃、河南、山东、直隶、广东、云南、浙江等地，信徒人数很多，影响也很大，因此朝廷还设置了专门机构“崇福司”对其进行掌管。

除景教外，罗马天主教也于元世祖至元三十一年（1294年）传入中国。当时，天主教方济各会的约翰·孟德高维诺受罗马教廷派遣，来到汗八里（今北京）传教。他来华后，受到元成宗铁穆耳的礼遇，并使一些皇亲国戚放弃了景教信仰而改信罗马天主教，随后又在南方的泉州、杭州、扬州建立了教堂和修院，设置了北京总教区和泉州教区，教徒几十年间发展至三万余人。他在中国活动了三十四年，死于中国，是罗马天主教在华传教活动的开拓者，被教皇封为汉八里总主教兼东方宗总主教。

在云南，自从元代蒙古军“跨革囊”渡金沙江南下，灭大理，定云南之后，首次在云南建立行省实行中央集权统治，结束了云南长达数百年的地方割据局面，使云南的经济迅速发展，与内地的文化联系也更加紧密了。这一时期，史籍中关于云南“也里可温”的记载也相对多了起来，比如：《元史·职官列传》记载当时云南已有基督教徒；《元典章》卷二十四载元贞元年（1295年）闰四月圣旨关于云南各种人户缴纳地税的条例中，也列出了“也里可温”；此外，大理崇圣寺元至大四年（1311年）以及昆明筇竹寺元延祐三年（1316年）圣旨碑中，也有“也里可温”、“可温”字样。再如：《新纂云南通志》记载当时著名的景教徒马薛里吉思曾到过云南；《马可波罗游记》也记载说“到达省府雅岐(昆明)，这是一座宏伟壮丽的大城市。城中有商人和工匠。这里人口杂居，有佛教徒、聂斯托利派基督教徒、撒拉逊人或伊斯兰教徒。”

从上述材料记载中可以看出，元代云南确实有基督徒存在，其大致属于聂斯托里派的景教一支。但对于他们的具体人数及活动情况，各种材料均未见记载，也就不得而知了。

元朝灭亡后，也里可温在中国逐渐消亡，关于云南的情况也不再有史料记载，直到明代中期以后，随着罗马天主教再次登陆中国并逐渐传播到各地，天主教在云南的活动才又重新恢复起来。