1840年以后，云南天主教进入了一个快速发展时期，先后经历了两次发展高潮，基本奠定了云南天主教的发展格局。

1840年第一次鸦片战争以后，清政府被迫与各列强国家签订了一系列不平等条约，开放广州、上海、宁波、厦门、福州为通商口岸，获得了在通商口岸建造教堂的特权。1844年，在法国政府的压力下，道光皇帝准许对天主教开放教禁。此后又于1846年正式颁布了对天主教的弛禁上谕，允许归还雍正、乾隆两朝查封的天主教教产。

但是，教会并不满足于在通商口岸传教。1856年，长期非法潜入中国内地秘密活动的法国神父马赖在广西西林被杀，法国政府以此为借口会同英国发动了第二次鸦片战争。1858年，中英、中法《天津条约》在第二次鸦片战争的战火中签订，规定外籍传教士可以进入内地传教，英法两国人可以内地游历、通商。之后，又于1860第二次鸦片战争结束后签订了中英、中法《北京条约》，其中，《北京条约》第六款规定：“天下黎民任各处军民人等传习天主教，会合讲道、建堂、礼拜；且将滥行查拿者，予以应得处分。”而在这一条款的中文译本中，担任翻译的法国巴黎外方传教会传教士艾美（Louis Delamarre）擅自加上了“并任法国传教士在各省租买田地，建造自便”一句，使传教士取得了在中国内地租买土地建立教堂的权利。等到1895年中国政府发现这一别有用心的误差时，则已无可奈何了。从此，传教士进入内地传教的大门完全打开了，传教活动不仅随之而公开化，并且还受到了官府的保护。

随着清政府禁教政策的逐步松动，云南天主教活动也日益活跃起来，开始从滇东北地区向各地积极扩张。然而，当教会的扩张活动刚刚有了初步成效的时候，1856年～1873年间以杜文秀为首的回民大起义，以及1856年～1876年间以李文学为首的彝族农民起义先后爆发，战火遍及云南全省的大部分地区，滇西、滇南和滇中腹地的教会势力尚未兴旺便遭摧毁，只有滇东北和滇西北地区的教会力量损失较小，依旧作为教会的扩张基地而发挥着作用。

杜文秀起义失败后，在滇东北蓄势已久的天主教立即南下闯入昆明，于1876年在昆明建起了教堂，并在不久之后将主教座堂从僻远的盐津县迁到了昆明，随后迅速西进滇西重镇大理、东入滇东曲靖，从此开始了在云南各地的全面扩张，先后在以大理为中心的滇西腹地建起10余座教堂，滇东各地的教堂也很快发展到20余座。形成了以昆明、大理和曲靖三大中心城镇及其邻近的农村地区为主的发展格局。

另一方面，第二次鸦片战争结束之后，法国和英国殖民主义对印度支那的野心急剧膨胀，分别加快了在越南和缅甸殖民侵略的步伐，并不约而同地把目光盯住了云南。其中，法国更抢先一步，于1858年借口保护天主教徒出兵越南之后，在云南开始了一系列探查活动。这些探查的结果，大大刺激了法国殖民势力侵略云南的野心，“一时云南之价值，盛传于巴黎市街，举众惊奇赞叹”，也为法国的侵略活动奠定了基础。1873年，法军侵占河内，将战火引到了越南北方。八十年代初，法军再占河内，越南全境沦陷。1883年，法军进攻中越边境地带，中法战争爆发。1885年，《中法新约》（《中法会订越南条约》）签订，法国侵略势力从此进入云南和广西，并为天主教在云南的快速发展提供了有利条件，先后在滇南的文山、红河地区建盖了大量教堂。

经过这一时期的传播努力，到了19世纪末， 云南天主教已初具规模， 拥有大约50座教堂和1万余名教徒。然而，由于与殖民势力相伴随的天主教大规模扩张活动， 引起了各种社会矛盾的急剧激化，导致了各地人民反洋教斗争的频繁发生。自19世纪80年代以后，与教会扩张活动相伴生的教案和仇教事件迭起，在短短的不足30年间竟多达10余起，有力地遏制了天主教在云南的扩张和急剧膨胀。在此期间，尽管教会在历次教案中获得了大量的“赔款”和种种传教特权，使其在各地的教堂建设方面有了较快的发展，但由于教案的影响，教会的社会声誉却大大降低了。因而这一时期的教会发展，呈现出教堂增长迅速而信徒人数增加缓慢的趋势。有材料表明，自19世纪末到1920年前后的二三十年间，云南的天主教堂增加了一倍有余，而教徒人数只增加了大约50%。

1920年以后，云南天主教的发展形成了第二次高潮。在此期间，虽然内地教会的发展不大，但由于传教士们以大理为中心，深入到德宏、思茅等边疆少数民族地区积极传教，在盈江、陇川、梁河、瑞丽、澜沧等地的景颇族、傣族、傈僳族、拉祜族和佤族地区建立了教堂，发展了大批教徒。到1955年前后，全省教堂和信徒分别从1920年前后的130余座和1.6万余人，增加到大约150座和近3万人，而新增的教堂和信徒，主要集中在西部的边疆少数民族地区，内地农村的教会不仅没有增长，相反还出现了一定的萎缩。

虽然经历了两次发展高潮，教徒人数亦不断有所增加，但是同全国范围内的天主教发展相比较，云南天主教的发展总体显现出一种下降的趋势。在第一次发展高潮结束后，云南天主教的教徒人数约占全国同类数的1.5%，但到了第二次发展高潮前夕，这个比例下降为0.81%。10年以后，虽然经过了第二次发展高潮的增长，云南天主教徒人数占全国同类数的比例，由0.81%上升到0.87%，但比之于第一次发展高潮结束时的1.5%来说，仍是大大地下降了，而且此后也不断表现出下降的趋势：1946年前后约为0.8%，到了50年代初期则下降为0.77%。