明代中叶，天主教的许多派别如多明我会、方济各会和耶稣会等相继传入我国。其中，多明我会主要活动于台湾、福建等地，方济各会主要活动于北京等地，势力和影响都不大，影响和势力最大者为耶稣会。

最早被耶稣会派遣入华传教的是方济各·沙勿略。他于明嘉靖三十一年（1552年）企图进入内地传教，但终未能如愿，死于广东台山县属岛。随后又有一些各派教士来华，但同样未能进入大陆。直到明万历十年（1582年），该会教士利玛窦等人入华才获得成功。明万历二十九年（1601年），利玛窦到达北京，觐见明神宗，初步开打了入华的大门。当时除部分王公达贵外，徐光启、李之藻、杨廷筠等著名学者均皈依了天主教，这三人被称为中国早期天主教的三大柱石，对传播天主教起了推波助澜的作用。

继利玛窦之后，汤若望、毕方济、南怀仁等传教士又进一步得到朝廷和士大夫阶层的宠信，并获准在中国十三省中自由传教。在短短的时间内，信徒达数万，仅明末宫中信教者就有五百四十名之多，上至皇子皇后、宫廷重臣，下至黎民百姓都有教徒。到了清康熙年间，全国28个城市中设有教堂，信徒已达15万人左右，其中耶稣会信徒约11万人。

但是，到了清康熙中叶以后，天主教内部发生了是否准许中国信徒“敬孔祀祖”的争论，史称“礼仪之争”。耶稣会认为应当从中国实际情况出发，允许信徒保留敬孔祀祖的传统习俗；而其他派别则主张禁止中国信徒敬孔祀祖，以保证天主教信仰的纯洁性。这场争论持续了很长时间，最后罗马教皇于1704年11月20日订出“禁约”，禁止中国天主教徒遵守中国的政令习俗。针对这一干涉中国内政的做法，康熙皇帝于1720年发布了禁止天主教在中国流传的谕令。康熙之后的雍正、乾隆、嘉庆、道光四朝也不同程度地实行禁教政策，历时一百多年，史称“百年禁教”，使天主教在中国的活动受到了很大的限制。

在明末清初，由于朝代的更迭和清王朝严行禁教政策的影响，内地的一些天主教徒辗转迁移到云南定居，从而将天主教带到了云南。此时，云南天主教徒的来源大致有两个方面：一是来自逃迁昆明的南明永历皇室成员；二是来自四川躲避战乱的教徒。

1644年明朝灭亡后，残存的南明政权企图借外国人之力复辟明室，积极与罗马天主教势力联络，因此皇室成员中包括皇太后、皇后、皇妃、皇太子、太监等在内的许多人在南逃的途中皈依教会，都成了天主教徒。1658年，永历皇室迁到昆明，随行人员中的天主教徒也随之进入云南。1662年，永历皇帝及皇太子均死于昆明，除皇太后、皇后等少数皇族及部分宫女回归北京外，大部分随行人员均留了下来，其中的天主教徒很可能也就随之而散布到民间，成了云南的首批天主教徒。

此外，由于天主教会的扩张与发展，到了清朝初期，与云南邻近的四川省宜宾等地也有了一些天主教徒。在此期间，由于张献忠等起义军进据四川，坚持战斗十余年，加上康熙年间吴三桂叛清自立，进攻北方，数十年的战乱导致四川人口急剧下降，出现了大量的无主荒地。因此战乱平息后，在统治阶级的鼓励和组织下，大批无地的农民从两湖及闽粤地区迁移到四川定居，形成了“湖广填四川”的热潮，其中一些天主教徒也随着移民的进入，定居在四川以及川滇交界的滇东北地区。他们在那里繁衍生息，慢慢发展起来，并逐渐分布到了大关、盐津等地的一些偏僻山村中。

然而，这些早期零星分布在云南各地的少量天主教徒，除滇东北地区的盐津一带由四川教区派神父前来主持宗教活动外，其余各地由于缺乏神职人员，不仅未能开展活动，原有教徒也日益减少。此后，由于历代清王朝严行禁教政策，沿海地区及内地的一些教徒，为躲避教难也开始陆续进入云南。这样，除了滇东北地区外，云南西部地区的永胜、华坪、大理以及金沙江沿岸的部分地区，也有了天主教徒的踪迹。

虽然天主教早在明末清初就已经传入云南，但在将近二百年的时间里，由于受到清朝政府禁教政策的制约，教会发展极为缓慢，据现有资料的统计，全省信徒人数在1809年时大约有2500人，1840年时大约有4000人，大多分布在边远的山区农村，内地一些零星分布的信徒也大都没有公开的活动。